तरल क्लोरहेक्सिडाइन साबुन और अल्कोहल आधारित हैंड सैनिटाइज़र, बैक्टीरिया को तेजी से नष्ट करने में साधारण साबुन और पानी से बेहतर हैं। इसलिए, अस्पतालों में, हाथ की स्वच्छता के लिए साबुन और पानी के मुकाबले क्लोरहेक्सिडाइन सैनिटाइज़र और 60% अल्कोहल युक्त तरल साबुन दोनों की ही समान रूप से अनुशंसा की जाती है।
विश्वभर में कोविड-19 के व्यापक प्रकोप के साथ, रोकथाम और नियंत्रण की स्थिति गंभीर होती जा रही है। नियमित रूप से हाथ धोना और उन्हें साफ रखना व्यक्तिगत सुरक्षा सुनिश्चित करने और कोविड-19 या अन्य कोरोनावायरस रोगों से बचाव के लिए अत्यंत महत्वपूर्ण है। कोरोनावायरस रोगों को इन विट्रो में निष्क्रिय किया जा सकता है।क्लोरहेक्सिडाइन ग्लूकोनेटथेराप्यूटिक गुड्स एडमिनिस्ट्रेशन (TGA) के विशेषज्ञ स्टीवन क्रिट्ज़लर ने कहा कि एक निश्चित सांद्रता पर क्लोरहेक्सिडाइन ग्लूकोनेट 0.01% और क्लोरहेक्सिडाइन ग्लूकोनेट 0.001% दो अलग-अलग प्रकार के कोरोनावायरस को निष्क्रिय करने में प्रभावी हैं। इसलिए, क्लोरहेक्सिडाइन ग्लूकोनेट कोविड-19 की रोकथाम के लिए हैंड सैनिटाइजर में एक महत्वपूर्ण घटक है।